狐臭的治療方法，可分手術去除或局部藥物控制兩種。

局部控制的藥物，有腋下止汗劑或局部注射肉毒桿菌素等，效果都不錯。只是肉毒桿菌素效果只能維持一年，而腋下止汗劑則只有幾個小時。如果要一勞永逸，唯有手術一途。

狐臭的根除手術，主要可分傳統式的切開清除法及新式的內視鏡旋轉刀刮除法。常被誤解的是，此種內視鏡旋轉刀手術，並非治療手汗症的胸腔內視鏡手術；胸腔內視鏡手術幾乎無可避免地會引起下半身代償性出汗，並不適合被用來治療狐臭。

傳統的狐臭手術，是在兩側腋下各做一道4~5公分的切口，經此切口將範圍內的大汗腺徹底切除，好處是根除率可達98%以上，而且可同時永久去除腋毛，以及處理腋下皮脂腺囊腫，缺點是切口傷痕大，恢復期會比較長。但因可處理某些特殊情況，如復發或合併腋下皮脂腺囊腫，現仍是經常使用的手術方式。

新式的狐臭手術，經由一個1.5公分大小的傷口，利用特殊的旋轉刮刀，清除腋下大汗腺。這種旋轉刮刀，原被用在骨科或泌尿科的內視鏡手術中，用於狐臭治療，國內還是近六、七年的事。也因如此，新式的狐臭手術又被稱為內視鏡旋轉刀手術。

新式的手術優點是切口小、恢復期較短，大約只要6天，就可恢復日常活動，兩周後就可恢復運動；缺點是較不易止血，且患者如合併腋下皮脂腺囊腫，使用內視鏡旋轉刀手術，可能會引發局部傷口感染，必須小心。

較早期的手術，術後氣味殘留較明顯，但經幾年來的使用，改良後的新式手術法在狐臭的根除率上，已經和傳統手術法不相上下。

至於術後的注意事項，和其他的外科手術一樣，拆線前要禁菸禁酒，傷口不能碰水，要注意營養及正常作息，並按時服藥。其他要特別注意的是，術後一周內雙手不可高舉過頭，雙臂儘量避免擺動。

手術後的併發症，主要為傷口感染和出血，有經驗的整形外科醫師都能將這些風險降到最低，但患者的充分配合也相當重要。